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    上科大團隊構(gòu)建可代謝四碳糖醇的大腸桿菌,為合成生物學領(lǐng)域提供研究范式

    2023-08-18 10:36:36 來源: DeepTech深科技

    近日,“世界衛(wèi)生組織報告稱阿斯巴甜可能致癌”的話題一度登上熱搜,引發(fā)了公眾對代糖甜味劑的關(guān)注和討論。

    如今,全球性肥胖的流行,以及糖尿病、高血壓等疾病發(fā)病人數(shù)的逐漸上升,讓人們越來越注重發(fā)展健康的生活習慣。比如,通過使用糖醇等代糖甜味劑生產(chǎn)食品,來限制碳水化合物的過量攝入,以保持科學的飲食方式。

    除阿斯巴甜以外,赤蘚糖醇也是一種廣泛應用于食品工業(yè)的代糖甜味劑。不過,與通過人工合成法生產(chǎn)的前者不同,赤蘚糖醇是一種天然、穩(wěn)定和安全的四碳糖醇,存在于蔬菜、水果、蘑菇中,主要通過工程乳酸菌和酵母發(fā)酵進行生產(chǎn)。


    (資料圖片僅供參考)

    由于人體自身無法分解代謝赤蘚糖醇,人類腸道的微生物群也缺乏能夠代謝赤蘚糖醇的途徑,因此其通常被小腸吸收,并在 24 小時內(nèi)通過尿液排出。但不能被人體用作能量來源的赤蘚糖醇,從本質(zhì)上來說屬于一種碳廢物。

    “故此,我們想嘗試通過合成生物學的方法構(gòu)建一種微生物,使其能夠更好地利用赤蘚糖醇這種不能被大多數(shù)生物體分解代謝的碳源。”上海科技大學教授表示。

    近期,他帶領(lǐng)團隊把赤蘚糖醇配制到化學合成的培養(yǎng)基中,并通過基因分析、遺傳學鑒定等方法,從自然環(huán)境中篩選出能夠代謝赤蘚糖醇的微生物,并從該微生物的基因組上鑒定了相關(guān)代謝通路。

    圖丨團隊合照(來源:)

    “赤蘚糖醇本身就相當于一個開關(guān),能夠觸發(fā)整個代謝通路的表達。我們不僅發(fā)現(xiàn)了代謝通路上的調(diào)控因子,還精準鑒定出含有 29 個核苷酸的 DNA 序列,以及其和調(diào)控蛋白之間的相互作用。”說。

    該團隊將赤蘚糖醇的代謝通路構(gòu)建至模式大腸桿菌 MG1655 中,使其可以將赤蘚糖醇作為唯一碳營養(yǎng)素。他們先表征了赤蘚糖醇響應的遺傳阻遏物 eryD,以及其 DNA 結(jié)合位點,接著進行 mRNA 轉(zhuǎn)錄組分析,來進一步評估赤蘚糖醇在 MG1655 中的代謝能力。

    圖丨在大腸桿菌中重建赤蘚糖醇代謝通路,以支持把赤蘚糖醇作為唯一碳源的細胞生長(來源:Advanced Science

    同時,他們也發(fā)現(xiàn)大腸桿菌菌株可以在純的赤蘚糖醇培養(yǎng)基中生長,這說明大腸桿菌的天然轉(zhuǎn)運系統(tǒng)可以用于轉(zhuǎn)運赤蘚糖醇。為了找出其中潛在的轉(zhuǎn)運體,他們構(gòu)建了 41 個敲除菌株,發(fā)現(xiàn) 6 個對細胞生長具有正向影響的轉(zhuǎn)運體。

    在研究過程中,該團隊通過幾個應用進行了驗證。比如,他們利用所構(gòu)建的大腸桿菌菌株,制備了一個活體赤蘚糖醇檢測器,以識別市售蘇打飲料中是否含有赤蘚糖醇。

    同時,他們還將另一種大腸桿菌菌株 Nissle 1917,通過赤蘚糖醇的代謝途徑進行了重新編程,促進其在以赤蘚糖醇作為補充碳源的模擬腸液中生長。據(jù)了解,該應用有望推動人類腸道微生物相關(guān)疾病,甚至腫瘤等局灶性組織的治療。

    此外,值得一提的是,最近有關(guān)拓寬大腸桿菌利用不同碳源范圍的研究頗受關(guān)注。此前,該領(lǐng)域的研究人員曾利用一氧化碳、二氧化碳、甲醇等一碳化合物,開展過大腸桿菌的改造研究,而該研究則填補了利用四碳赤蘚糖醇的碳源改造大腸桿菌的空白。

    “目前,赤蘚糖醇的代謝通路已經(jīng)能夠成功引入大腸桿菌這種原核生物,那么其是不是也能在真核生物甚至哺乳動物細胞中獲得應用,是我們未來計劃探明的問題。如果可以,我認為未來該成果將擁有更為廣泛的應用前景,有可能為代謝工程及合成生物學領(lǐng)域提供新的研究范式,以及為相關(guān)領(lǐng)域的研究人員提供一些研究靈感。”表示。

    2023 年 3 月 20 日,相關(guān)論文以《利用赤蘚糖醇作為唯一碳源的工程大腸桿菌》()為題在 Advanced Science上發(fā)表[1]。

    圖丨相關(guān)論文(來源:Advanced Science)

    上海科技大學博士研究生巴方為該論文的第一作者,上海科技大學教授擔任論文的通訊作者。

    表示,目前他們正在基于該成果,開展代謝工程方面的后續(xù)研究,比如合成一些具有高附加值的化合物。另外,他們還計劃利用赤蘚糖醇,開發(fā)合成生物學領(lǐng)域所需的相關(guān)生物調(diào)控元件,并進行進一步的優(yōu)化,包括改造結(jié)合蛋白與結(jié)合位點之間相互作用的能力和強度等。

    參考資料:
    1. F., Ba, X., Ji, S., Huang. et al. Engineering Escherichia coli to Utilize Erythritol as Sole Carbon Source. Advanced Science10, 14 (2023).
    運營/排版:何晨龍

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